1. Pilot
10 september 1993 (45 minuten)
Agent Dana Scully wordt ingeschakeld om samen te gaan werken met Agent Fox Mulder om werk te doen naar het paranormale. Hun eerste zaak samen zijn een aantal alien-ontvoeringen. Een comateuze jongen, Billy Miles, brengt zijn vrienden naar de bossen waarna ze allemaal sterven door een mysterieus wit licht.
2. Deep Throat
17 september 1993 (45 minuten)
Mulder & Scully gaan naar Idaho om de verdwijning van een militaire test-piloot te onderzoeken. Ze doen onderzoek naar de militaire basis, waardoor Mulder denkt dit te maken te kan hebben met een regeringscomplot. Mulder gaat stiekem naar de militaire basis en ziet iets wat lijkt op een UFO, maar wordt opgepakt en zijn geheugen wordt gewist.
3. Squeeze
24 september 1993 (45 minuten)
Mulder en Scully onderzoeken een aantal moorden waar er geen enkele mogelijkheid bij is dat de moordenaar is ontsnapt. Eugene Victor Tooms, een normale conciërge, wordt door Mulder verdacht een mutant te zijn die zijn slachtoffers maakt om zijn leven te verlengen.
4. Conduit
1 oktober 1993 (45 minuten)
Terwijl Sectie Chef Scott Blevins het werk van de X-files in twijfel trekt, raakt Mulder in obsessie met een zaak dat dicht bij zijn ervaring komt toen hij nog een kind was. Hierbij gaat het om de alien-ontvoering van Mulder's zusje Samantha.
5. The Jersey Devil
8 oktober 1993 (45 minuten)
De moord op een dakloze man leidt naar een andere moord op precies dezelfde wijze die is gepleegd in 1947. Mulder en Scully vermoeden dat het monster The Jersey Devil ermee te maken heeft, die rondhangt in de bossen van Atlantic City.
6. Shadows
22 oktober 1993 (45 minuten)
Wanneer een onzichtbare kracht meerdere moorden pleegt is de enige getuige een jonge vrouw. Mulder verdenkt dat de geest van haar oude werknemer de dader is die de vrouw probeert te beschermen. Ook deze theorie leidt tot de ontdekking of die dode werknemer nou vermoord is of zelfmoord heeft gepleegd.
7. Ghost in the Machine
29 oktober 1993 (45 minuten)
Een computer met kunstmatige intelligentie begint te moorden om te blijven werken voor een grote wolkenkrabber. Mulder en Scully onderzoeken de zaak.
8. Ice
5 november 1993 (45 minuten)
Wanneer een onderzoeksteam op mysterieuze elkaar vermoord, gaan Mulder en Scully samen met een groep wetenschappers naar de plaats delict midden in het ijs. Hier ontdekken ze een mysterieus wormachtig organisme dat een menselijk wezen infecteert en symptomen toont van paranoia en kwaadaardigheid. Is iemand binnen de groep de moordenaar?
9. Space
12 november 1993 (45 minuten)
Een mysterieuze onzichtbare kracht saboteert een ruimtevaart. De verdachte is onmiddellijk de commandant van het team, die blijkbaar ooit een soort van alien heeft gezien op Mars. Is de deze alien hem misschien gevolgd? Mulder en Scully doen onderzoek en vooral Mulder betrekt zich veel met het onderzoek.
10. Fallen Angel
19 november 1993 (45 minuten)
Mulder zet de X-files op het spel wanneer hij zich went tot een militaire UFO neerstorting. Helaas wordt hij opgepakt en gevangengezet. In de gevangenis ontmoet hij Max Fening, een UFO-freak. Ze raken bevriend en hoewel Scully hem raad geeft om terug te keren naar Washington, blijft hij hier. Hij wil meer weten over Max Fening...
11. Eve
10 december 1993 (45 minuten)
Wanneer twee vaders, die niks met elkaar te maken hebben, op gruwelijke wijze worden vermoord en hun dochter als getuige, ontdekken Mulder en Scully dat de twee meisjes als een spat op elkaar lijken. Totdat ze worden ontvoerd tijdens het onderzoek. Heeft de zaak iets te maken rondom een experiment binnen de regering?
12. Fire
17 december 1993 (45 minuten)
Mulder, Scully en Mulders ex-vriendin doen onderzoek naar een aantal brandstichtingen op een aantal zeer bekende mannen uit Groot-Brittannië. Mulder zal zijn angst voor vuur moeten overwinnen wanneer hij ontdekt dat hij te maken heeft met een gestoorde pyromaan.
13. Beyond the Sea
7 januari 1994 (45 minuten)
Een ter dood veroordeelde seriemoordenaar Luther Lee Boggs claimt dat hij helderziend is, en wil alleen Mulder spreken die denkt dat hij hem zal begrijpen. Ondertussen moet Scully haar gevoelens aan de kant zetten nadat haar vader is overleden, maar waarom heeft Boggs zo'n mysterieus helderziend effect op Scully?
14. Genderbender
21 januari 1994 (45 minuten)
Een aantal seksuele moorden blijkt te maken te hebben met een moordenaar die van geslacht kan veranderen. Het onderzoek leidt Mulder en Scully naar een soort van Amish sekte.
15. Lazarus
4 februari 1994 (45 minuten)
Wanneer FBI agent Jack Willes en een bankovervaller Warren Dupre op hetzelfde moment worden neergeschoten, overleeft Willes de schietpartij en Dupre sterft. Maar waarom gedraagt Willes zich zo vreemd? Is hij bezeten door een geest van Dupre?
16. Young at Heart
11 februari 1994 (45 minuten)
Een psychotische crimineel van Mulders verleden keert terug en wil wraak nemen op Mulder. Zijn naam is John Barnett en blijkbaar is hij een deel geweest van een medisch experiment. Mulder moet zien te voorkomen dat hij zoete wraak zal plegen.
17. E.B.E.
18 februari 1994 (45 minuten)
Mulder en Scully ontvangen informatie van hun informant Deep Throat over een UFO die was neergeknald in Irak. Blijkbaar is deze UFO overgebracht naar Amerika. Maar spreekt Deep Throat zelf wel de waarheid?
18. Miracle Man
18 maart 1994 (45 minuten)
Mulder en Scully gaan naar Tennessee om onderzoek te doen naar een jongen die mensen kon genezen, door ze aan te raken, van allerlei ziektes. Maar waarom sterven mensen plotseling kort na hun genezing?
19. Shapes
1 april 1994 (45 minuten)
Mulder en Scully reizen naar een reservatie van Indianen om een brutale moordzaak te onderzoeken die blijkbaar in verband wordt gelegd met de eerste X-file allertijden: lycanthropie.
20. Darkness Falls
15 april 1994 (45 minuten)
Mulder en Scully gaan naar een nationaal woud in Washington wanneer een groep onderzoekers vermist raakt. Hun onderzoek leidt naar groene en kleine moordende vuurvliegjes.
21. Tooms
22 april 1994 (45 minuten)
Eugene Victor Tooms wordt vrijgelaten uit de gevangenis vanwege zijn misdaden (van de aflevering Squeeze) en hij zal nog één moord moeten plegen om de laatste lever te krijgen die hem weer dertig jaar in leven houdt. Mulder en Scully gaan de strijd aan tegen de klok om te voorkomen dat hij nog een slachtoffer maakt en ontsnapt...
22. Born Again
29 april 1994 (45 minuten)
Wanneer een rechercheur en zijn voormalig collega overlijden door mysterieuze omstandigheden, leidt het onderzoek naar een jong meisje dat op alle twee de plaatsen delict aanwezig was. Is zij de sleutel tot de oplossing?
23. Roland
6 mei 1994 (45 minuten)
Agent Mulder en Scully onderzoeken een aantal moorden op wetenschappers die één voor één op mysterieuze wijze zijn gestorven. De enige verdachte is de mentaal gehandicapte conciërge genaamd Ronald.
24. The Erlenmeyer Flask
13 mei 1994 (45 minuten)
Een simpele auto-achtervolging leidt Mulder en Scully naar een wetenschappelijk geheim waar ze gemeenschappelijke bewijzen vinden die kunnen leiden tot de ontdekking van een complot binnen de regering.
